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Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer

Bioinformatique

Service Bioinformatique du LBDV

 

Responsable : Philippe Dru, Ingénieur d'étude CNRS

 

Accès aux services bioinformatiques :

lien vers Octopus

 

lien vers diplobase

 

 

 Bioinformatique

 

 Génome et Transcriptome

 Aide aux équipes

 Data mining

 Serveurs Bioinformatiques

 

Le service bioinformatique a pour mission d'organiser et de gérer les données de génome et de transcriptome pour les espèces modèles marines de l'unité (oursins, ascidies, méduses) et de quelques espèces de référence : traitement de séquences brutes; installation et application de nouveaux outils bioinformatiques; assistance aux équipes de recherche pour les volets génomiques et transcriptomiques des projets en cours. Assistance  dans l'analyse de gènes (similitudes, orthologie, data-mining, annotation) et des ARNm (motifs d'adressage et de régulation).
Le matériel se compose de 2 serveurs et une station de travail pour traiter les NGS : un serveur de bases de données permettant l'accès aux séquences(octopus), un serveur de calcul (chirurgien), et enfin 2 stations de travail pour manipuler les données issues du haut débit (orca [256Go] et mahimahi [32Go]).

Philippe Dru - 25/09/17

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