Bioinformatique
Service Bioinformatique du LBDV
Responsable : Philippe Dru, Ingénieur d'étude CNRS
Accès aux services bioinformatiques :
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Bioinformatique |
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Le service bioinformatique a pour mission d'organiser et de gérer les données de génome et de transcriptome pour les espèces modèles marines de l'unité (oursins, ascidies, méduses) et de quelques espèces de référence : traitement de séquences brutes; installation et application de nouveaux outils bioinformatiques; assistance aux équipes de recherche pour les volets génomiques et transcriptomiques des projets en cours. Assistance dans l'analyse de gènes (similitudes, orthologie, data-mining, annotation) et des ARNm (motifs d'adressage et de régulation).
Le matériel se compose de 2 serveurs et une station de travail pour traiter les NGS : un
serveur de bases de données permettant l'accès aux séquences(octopus), un serveur de calcul (chirurgien), et enfin 2 stations de travail pour manipuler les données issues du haut débit (orca [256Go] et mahimahi [32Go]).