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Biologie du Développement de Villefranche-sur-Mer

Bioinformatique

Service Bioinformatique du LBDV

 

Responsable : Philippe Dru, Ingénieur d'étude CNRS

 

Accès aux services bioinformatiques :

http://marimba.obs-vlfr.fr/

 

lien vers Octopus

 

lien vers diplobase

 

 

 

 Bioinformatique

 

 Génome et Transcriptome

 Aide aux équipes

 Data mining

 Serveurs Bioinformatiques

 

Le service bioinformatique a pour mission d'organiser et de gérer les données de génome et de transcriptome pour les espèces modèles marines de l'unité (principalement oursins, ascidies, méduses, amphioxus) et d'espèces proches de référence : il est chargé du traitement de séquences brutes, de la mise en place de nouveaux outils bioinformatiques, de l'assistance aux équipes de recherche pour les volets génomiques et transcriptomiques des projets en cours et enfin de l'assistance  dans l'analyse de gènes (similitudes, orthologie, data-mining, annotation, phylogénie) et des ARNm (motifs et régulation).
Le matériel se compose de différents serveurs pour traiter les NGS : un serveur de bases de données de séquences "~omiques" (octopus), un serveur de calcul (chirurgien), et enfin 3 stations de travail pour manipuler les données de haut débit (cachalot (768Go, 40To), epaulard [768Go, 40To], orca [256Go, 20To]).

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Boinformatics service has the mission to organize and manage genome and transcriptome data for the marine model species of the unit (mainly sea urchins, ascidians, jellyfish, amphioxus,..) and close reference species: it is responsible for processing of raw sequences, implementation of new bioinformatics tools, assistance to research teams for "omics" aspects of current projects and finally assistance in the analysis of genes (similarities, orthology, data-mining, annotation, phylogeny) and their transcripts (mRNA patterns and regulation).
The material is made up of different servers to process the NGS: a database server of "~ omics" sequences (octopus), a small calculator (chirurgien), and finally 3 (super)calculators to manipulate NGS (next generation sequences) data (cachalot (768GB, 40TB), epaulard [768GB, 40TB], orca [256GB, 20TB]).

Philippe Dru - 04/06/20

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